Dla pewnego usystematyzowania bioinformatyka została podzielona na cztery zasadnicze działy, które wskazują na zakres przeprowadzanych analiz. Zatem prowadzone badania opierają się dokonywaniu analizy, która zajmuje się porównywaniem genów i poszukiwaniem sekwencji, co zaliczane jest do bioinformatyki sekwencyjnej.
Kolejnym działem jest bioinformatyka strukturalna skupiająca się na badaniu prawdopodobieństwa struktury białek. Natomiast modelowanie szlaków metabolicznych, a także ekspresja genów to już dział bioinfomratyki funkcjonalnej.
Do czwartej grupy zalicza się dział systemów, które służą do analizy i modelowania wszystkich systemów biologicznych. Takie ogólne usystematyzowanie pozwala na precyzyjne określenie zakresu działań biotechnologów, a także zwrócenie uwagi na zasadnicze kwestie prowadzonych badań laboratoryjnych.
Tak szeroki zakres analiz jeszcze bardziej podkreśla znaczenie oraz konieczność dalszych działań bioinformatyki we współczesnym świecie.